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免疫细胞研究bioworld2021-01-09 13:00:27

要点预览

【中科院】测序与芯片高通量数据挖掘与分析学习班(理论+实践课)


2018/08/4-5 (3日报到)

上海好望角饭店

报名方式见文末




学习班简介

高通量数据挖掘与分析是基于生信的方法从芯片及测序高通量数据中挖掘到与研究方向最相关的靶标基因(mRNA,miRNA,lncRNA或蛋白)。随着高通量手段的不断进步,测序和芯片的成本也逐渐降低,速度也越来越快,使用高通量手段(测序/芯片)进行科研的优点非常明显,也是大势所趋! 

做过测序或者芯片实验的科研人员越来越多,虽然测序公司已经给出了一部分的数据分析,比如过滤、质控比对、定量和差异等,但是这些分析属于基础傻瓜式的标准分析,并不能完整的讲一个故事!我们也很难在大量的差异基因中筛选获得关键基因。因此,需要我们自己掌握高通量数据挖掘的能力,从海量信息中获得自己想要的关键基因!



培训目的与培训预期

培训目的:

很多学员都做过测序或者芯片实验,虽然测序公司已经给出了一部分的数据分析,比如过滤、质控、比对、定量和差异等,但是这些分析属于基础傻瓜式的标准分析,并不能完整的讲一个故事!因此,需要我们自己掌握高通量数据挖掘的能力,从海量信息中获得自己想要的关键基因!


培训预期:通过2天的培训(半天理论课程+1天半实践操作),使学员掌握生信文献分析思路和8个实用操作知识点(具体见最后),可以独立完成一篇基于公共数据库的高通量数据挖掘分析,2天培训合格后,颁发专业技术人员继续教育培训证书。




培训时间与培训地点

培训时间:

2018年8月4-5日 3日下午可报到

理论课时间:上午9:00-12:00,实操下午1:30-5:00

(具体见课程安排)


培训地点:上海好望角饭店  上海市徐汇区肇嘉浜路500号5楼会议室



学习班组织方

理论课程(半天)主办方:

中国科学院上海分院国家级专业技术人员继续教育基地

上海嘉定先进技术创新与育成中心

 医药加信息公共服务平台


实践操作课程(1天半)主办方:

上海嘉定先进技术创新与育成中心

医药加信息公共服务平台


承办方:上海遐锦生物科技有限公司


讲师简介

宋伟博士

成果:参与完成了近百篇软件著作权和发明专利的撰写和申请;肺癌、胰腺癌、骨肉瘤、胃癌等数据库的分析和构建;完成个体基因检测流程和无创唐筛流程的开发。

研究方向:有近十年的生信分析经验,擅长方向有转录组测序分析、芯片数据分析、疾病机理研究分析、疾病预后与基因关联分析、项目分析思路设计以及个性化分析等,精通perl、R等编程语言。

培训经历:在上海、沈阳、济南、武汉等城市举办过十几场培训班。培训的对象有:医生、学生、科研工作者、生信爱好者等。

培训方向:《测序与芯片数据分析》、《生物信息学的魅力》、《生信文章实例解读》、《生信与实验的密切关系》、《生信与临床医学的关系》、《生信实用工具培训》、《多组学整合分析流程》、《R语言培训》等



课程具体安排

课程安排:

1、理论课程:2018年8月4日上午

8.30-10:00第一节:基因数据库使用介绍

测序标准报告的解读。

NCBI Gene数据库:最权威的基因综合数据库之一。

NCBI GEO数据库: 数据量最大的高通量公共数据库。

GEO2R工具:在线做差异分析的R工具

bioDBnet:在线基因ID转换工具。

Uniprot: 最权威的蛋白综合数据库之一。


10.15-12:00第二节: DAVID工具——功能富集分析

功能富集的原理和意义

基因ID转换

基因功能注释(GO ,KEGG pathway)

基因功能富集(GO ,KEGG pathway)

基因功能聚类(GO ,KEGG pathway)


2、实践操作课程(共1天半)

2018年8月4日下午

13:30-17:30第三节 聚类热图及pathway map图

KEGG 数据库:最权威的通路数据库(pathway map 分析)

HEMI软件:构建聚类热图的本地软件


2018年8月5日

8:30-10:00第四节. STRING工具——基因/蛋白相互作用分析(PPI)

蛋白互作分析的原理和意义;

单个蛋白的蛋白互作分析;

多个蛋白的蛋白互作分析;

STRING工具的使用步骤:输入、参数设置、输出等。


10:15-12:00第五节 cytoscape网络做图软件(上)

网络图构建

逐个修改节点的属性和修改边的属性

网络展示方式layout更美观

网络统计分析

13:30-15:30第六节  cytoscape网络做图软件(下)

批量修改节点的属性和修改边的属性

Cytoscape的常用插件:ClusterONE

Cytoscape的常用插件:BinGO

15:30-17:00  答疑环节


通过该主题的学习,可以学会:

高通量公共数据的详细信息查找/下载;

在线做差异表达分析

在线blast分析

基因ID转换

通路map图制作

功能富集分析

蛋白互作分析

网络图的构建和美化。


学习费用

1、8.4号上午的理论课程免费

2、8.4号下午到8.5号全天,学习费2500元每位(学习费包含电子版教材、午餐,住宿费自理,第二次复听的学员只要付500元,保证学员完全掌握。)


可以开正规会务发票,纸质邀请函(盖红章)。 

注意事项:携带windows系统的电脑,苹果电脑请务必提前做好双系统。现场不得录音录像。


付款方式: 

A单位转账:上海遐锦生物科技有限公司

账号:31050179400000001610

开户行:中国建设银行股份有限公司上海马陆支行

支付方式:


B支付宝账户

yonghong1028@126.com  

实名:金永红(大金额转账时可能需要您补全全名)


C:现场刷卡




报名咨询与报名方式

报名咨询可联系 金老师 18917745941  王老师  13818765978


报名方式一:




报名方式二:邮件方式


发报名邮件后若24h内未收到回复,请及时电话联系确认


为保证最快速的给您回复,请按下列格式撰写邮件发送到指定报名邮箱 :13818765978@163.com

报名邮件内容模板:(同期有其他会议举办,请不要省略所参加的是哪个会议)
测序与芯片的高通量数据挖掘与分析学习班(理论+实践课),以下是我的信息:
1、姓名:
2、性别:
3、邮箱:
4、手机:
5、参加场次:请写明参加期数 以及几月几日 北京还是上海的场次,以免弄错
6、发票抬头:如不确定,先留空。
7、纳税人识别号或统一社会信用代码:如不确定,先留空。
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9、备注:备注说明写在此,如有多人参加,请将姓名、性别、邮箱、手机在上面分别单独列出,备注中写明一位主要联系人。




住宿安排


住宿:(不强行规定,可自己预订附近其他酒店,费用自理)

上海好望角大饭店
地址: 上海市徐汇区肇嘉浜路500号

经济大床/商务标间: 399元,490元/间/晚     (含早餐、含宽带)



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医药加学习班2018年7-8月档期安排,可点下文主题看详情,如需要报名,请加学习班秘书微信yiyaojia01
时间 地点 学习班名称
7.20-22 上海中兴和泰酒店 第28期循证医学与meta分析(网状meta分析)学习班(三天精讲班)
7.21-22 上海中兴和泰酒店 第8期实用医学统计学习班 
7.21-22 上海好望角饭店 第三期R语言数据分析实战技术培训班
7.28-29 上海好望角饭店 中药网络药理学的研究策略与实用技能研讨班
8.4-6 上海中兴和泰酒店 第9期基因编辑技术学习班
8.4-5 上海好望角饭店 第3期测序与芯片的高通量数据挖掘与分析学习班
8.10-8.12 北京金泰绿洲大酒店 第29期循证医学与meta分析(含网状meta分析)三天学习班
8.11-8.12 北京金泰绿洲大酒店 第20期非编码RNA与外泌体研究策略学习班
8.11-8.12 上海好望角饭店 第6期医学科研选题与SCI论文写作&投稿&发表技巧学习班
8.18-19 广州南洋长胜酒店 第30期循证医学与meta分析(含网状meta分析)学习班
8.18-19 广州南洋长胜酒店 第21期非编码RNA与外泌体研究策略学习班
8.18-19 广州南洋长胜酒店 第7期医学科研选题与SCI论文写作&投稿&发表技巧学习班
8.18-19 广州南洋长胜酒店 第4期测序与芯片的高通量数据挖掘与分析学习班
8.25-26 北京金泰绿洲大酒店 中药网络药理学的研究策略与实用技能研讨班


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